В соответствии с приказом Межрегионального управления Федеральной службы по финансовому мониторингу по Центральному федеральному округу от 30 января 2012 года № 5 «Об утверждении штатного расписания Межрегионального управления Федеральной службы по финансовому мониторингу по Центральному федеральному округу» в МРУ образовано 4 отдела:

·      Отдел финансовых расследований;

·      Отдел надзорной деятельности и правового обеспечения;

·      Отдел сопровождения материалов и взаимодействия с правоохранительными органами;

·      Отдел финансового и административного контроля.