В августе - сентябре 2020 года Управлением Генеральной прокуратуры Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе была проведена проверка исполнения требований законодательства, регламентирующего предоставление государственных услуг, порядка проведения контрольных мероприятий об административных правонарушениях, а также законодательства о порядке рассмотрения обращений граждан МРУ Росфинмониторинга по СЗФО. По результатам проверки были выявлены отдельные нарушения в деятельности МРУ Росфинмониторинга по СЗФО.
В июне 2020 года Управлением Генеральной прокуратуры Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе проведена проверка МРУ Росфинмониторинга по СЗФО на предмет соблюдения законодательства о государственной гражданской службе. По результатам проверки были выявлены отдельные нарушения, в настоящее время все нарушения устранены.
В августе 2017 Управлением Генеральной прокуратуры Российской Федерации в Северо-Западном федеральному округе была проведена проверка исполнения федерального законодательства о противодейстии коррупции в МРУ Росфинмониторинга по СЗФО. По результатам проверки были выявлены отдельные нарушения сотрудниками МРУ Росфинмониторинга по СЗФО в части предоставления сведений о доходах.
В июле 2017 Управлением Генеральной прокуратуры Российской Федерации в Северо-Западном федеральному округе была проведена проверка исполнения требований федерального законодательства о противодействии легализации (отмывания) доходов, полученных преступным путем и финансированию терроризма, а также об административных правонарушениях МРУ Росфинмониторинга по СЗФО. По результатам проверки грубых правонарушений в деятельности МРУ Росфинмониторинга по СЗФО не выявлено.
В ноябре 2016 Управлением Генеральной прокуратуры Российской Федерации в Северо-Западном федеральному округе была проведена проверка исполнения требований федерального законодательства о государственной гражданской службе и о порядке рассмотрения обращений граждан в МРУ Росфинмониторинга по СЗФО. По результатам проверки были выявлены отдельные нарушения в деятельности МРУ Росфинмониторинга по СЗФО.
В марте 2016 Управлением Генеральной прокуратуры Российской Федерации в Северо-Западном федеральному округе проведена проверка исполнения законодательства при проведении финансовых расследований в МРУ Росфинмониторинга по СЗФО. По результатам проверки грубых нарушений в деятельности МРУ Росфинмониторинга по СЗФО не установлено.
В марте 2015 Управлением Генеральной прокуратуры Российской Федерации в Северо-Западном федеральному округе проведена проверка исполнения законодательства при проведении финансовых расследований в МРУ Росфинмониторинга по СЗФО. По результатам проверки были выявлены отдельные нарушения в деятельности МРУ Росфинмониторинга по СЗФО. По состоянию на 05.05.2015 нарушения устранены.
В апреле 2013 Управлением Генеральной прокуратуры Российской Федерации в Северо-Западном федеральному округе проведена проверка исполнения законодательства при проведении финансовых расследований в МРУ Росфинмониторинга по СЗФО. По результатам проверки грубых нарушений в деятельности МРУ Росфинмониторинга по СЗФО не установлено.
В период с 08 по 12 октября 2012 года Центральный аппаратом Федеральной службы по финансовому мониторингу проведена выездная комплексная проверка осуществления функций МРУ Росфинмониторинга по СЗФО по противодействию легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансирования терроризма на территории Северо-Западного федерального округа.
В период с 24 по 28 сентября 2012 года Управлением Федеральной службы по техническому и экспортному контролю по Северо-Западному федеральному округу проведена проверка организации и состояния работ в МРУ Росфинмониторинга по СЗФО по технической защите информации, обеспечению безопасности персональных данных при их обработке в государственных информационных системах персональных данных. По результатам проверки грубых нарушений в деятельности МРУ Росфинмониторинга по СЗФО не установлено.
В период с 10 по 14 сентября 2012 года Управлением Генеральной прокуратуры Российской Федерации в Северо-Западном федеральному округе проведена проверка исполнения законодательства о государственной гражданской службе и противодействия коррупции в МРУ Росфинмониторинга по СЗФО. По результатам проверки выявлены нарушения действующего законодательства. По состоянию на 01 октября 2012 года нарушения устранены.
В период с 01 по 15 июня 2012 года Северо-Западный управлением Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору проведена проверка МРУ Росфинмониторинга по СЗФО с целью осуществления контроля за соблюдением требований законодательства об энергосбережении и о повышении энергетической эффективности. По результатам проверки нарушений не выявлено.
В марте и сентябре 2010 года в МРУ Росфинмониторинга по СЗФО проводились проверки Управлением Генеральной Прокуратуры в Северо-Западном федеральном округе. Объектами проверок выступали административно-хозяйственная, надзорная деятельность, а также сопровождение материалов контрольно-наблюдательных дел, взаимодействие с правоохранительными органами и проведение финансовых расследований. В мае 2010 года проходила комплексная проверка комиссией Центрального аппарата Росфинмониторинга. Выявленные недостатки устранены.